體制內(nèi)的競(jìng)爭(zhēng)體現(xiàn)在交通部與外貿(mào)部之間的競(jìng)爭(zhēng)。從部門職能上看，交通部主管運(yùn)輸業(yè)務(wù)，外貿(mào)部主管對(duì)外貿(mào)易業(yè)務(wù)，在對(duì)外貿(mào)易運(yùn)輸上二者之間應(yīng)該是互補(bǔ)、協(xié)作關(guān)系，但實(shí)質(zhì)上，它們?cè)跇I(yè)務(wù)上還存在交叉，正因此相互競(jìng)爭(zhēng)自然存在。這種競(jìng)爭(zhēng)現(xiàn)象在計(jì)劃經(jīng)濟(jì)時(shí)期就已經(jīng)初現(xiàn)端倪。指示中央貿(mào)易部和交通部組建中國(guó)海外跨境運(yùn)輸公司，統(tǒng)一掌握海外貨運(yùn)計(jì)劃和辦理對(duì)外租船等事宜，公司由兩部共同領(lǐng)導(dǎo)，即行政工作由交通部領(lǐng)導(dǎo)，業(yè)務(wù)工作由貿(mào)易部領(lǐng)導(dǎo)。

中國(guó)海外跨境運(yùn)輸公司成為對(duì)外貿(mào)易部直屬的一個(gè)公司，從而結(jié)束兩部雙重領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)系。1955年，對(duì)外貿(mào)易部對(duì)外貿(mào)運(yùn)輸機(jī)構(gòu)進(jìn)行機(jī)構(gòu)調(diào)整，重新組建成中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司和中國(guó)租船公司，統(tǒng)一掌握海外貨運(yùn)計(jì)劃和辦理對(duì)外租船等事宜，這一管理體制一直沿用到改革開放時(shí)期。計(jì)劃經(jīng)濟(jì)時(shí)期，交通部和外貿(mào)部建立船貨平衡會(huì)制度解決對(duì)外貿(mào)易的海洋運(yùn)輸問題，通常由兩個(gè)部門每月召開船、貨平衡會(huì)，按計(jì)劃分配運(yùn)輸貨載。

大體上，交通部管船，外貿(mào)部管貨，但是由于外貿(mào)部兼有對(duì)外租船業(yè)務(wù)，事實(shí)上也管船，這就出現(xiàn)業(yè)務(wù)交叉。在派船時(shí)選擇交通部管轄的國(guó)輪抑或是外貿(mào)部租用外輪？外貿(mào)部租用的外輪是由本部門代理抑或是由交通部的中國(guó)外輪代理公司代理？?jī)蓚€(gè)部門會(huì)出現(xiàn)意見分歧。在計(jì)劃經(jīng)濟(jì)時(shí)期這個(gè)內(nèi)部矛盾較為容易化解，但改革開放以后，交通部所轄的中國(guó)遠(yuǎn)洋跨境運(yùn)輸公司和外貿(mào)部所轄的中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司都改制成為獨(dú)立的經(jīng)濟(jì)實(shí)體，業(yè)務(wù)量的大小與自身的經(jīng)濟(jì)利益密切相關(guān)，這時(shí)昔日的內(nèi)部矛盾演變成為激烈的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)，只不過兩家公司都是體制內(nèi)的國(guó)企而已。隨著對(duì)外貿(mào)易的擴(kuò)大，船、貨之間的矛盾進(jìn)一步深化，在一定程度上影響了交通部和外貿(mào)部之間的業(yè)務(wù)合作關(guān)系。但由于兩公司一個(gè)管船、一個(gè)管貨；一是承運(yùn)人，一是托運(yùn)人。二者性質(zhì)不同，權(quán)利和義務(wù)各異，在經(jīng)營(yíng)指導(dǎo)思想上差距較大，以致未能合并。1984年11月3日，國(guó)務(wù)院同意中國(guó)遠(yuǎn)洋跨境運(yùn)輸公司和中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司有業(yè)務(wù)交叉，即二者可以同時(shí)經(jīng)營(yíng)船與貨，因此，二者在船與貨上都存在競(jìng)爭(zhēng)，中國(guó)遠(yuǎn)洋跨境運(yùn)輸公司積極發(fā)展貨物代理業(yè)務(wù)，打破外貿(mào)部門對(duì)貨源的壟斷制約；中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司則大力開展船舶代理業(yè)務(wù)，打破交通部門對(duì)船舶的壟斷制約。

1985年4月4日，國(guó)務(wù)院口岸領(lǐng)導(dǎo)小組頒布了《關(guān)于中遠(yuǎn)、外運(yùn)兩公司業(yè)務(wù)交叉問題的通知》，規(guī)定凡到中國(guó)口岸的外輪，其代理業(yè)務(wù)由中國(guó)外輪代理公司辦理；屬于中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司的自營(yíng)船29艘，以及該公司合營(yíng)的掛五星紅旗的船舶36艘，共65艘，由中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司自行代理，試行一年。在此時(shí)，中國(guó)遠(yuǎn)洋跨境運(yùn)輸公司和中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司的競(jìng)爭(zhēng)還受到國(guó)家的限制。

這兩個(gè)文件的出臺(tái)，標(biāo)志著中國(guó)遠(yuǎn)洋跨境運(yùn)輸公司和中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司全面競(jìng)爭(zhēng)時(shí)代的到來。中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司因過多租用外輪而引起交通部的不滿，1989年11月20日致函當(dāng)時(shí)的外經(jīng)貿(mào)部，譴責(zé)其不支持國(guó)輪，損害國(guó)家利益。交通部認(rèn)為國(guó)輪處于船多貨少狀態(tài)，我方派船的貨物，特別是高運(yùn)價(jià)貨物，中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司未完全按國(guó)務(wù)院要求交國(guó)輪裝運(yùn)，甚至在一些國(guó)輪經(jīng)營(yíng)的班輪航線上輪位利用還不到50%，又用大量外匯租外輪插進(jìn)來與國(guó)輪爭(zhēng)貨。以上海到西北歐的班輪航線為例，國(guó)輪艙位利用僅24.3%，中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司又租用三艘外輪（每艘每天租費(fèi)一點(diǎn)五萬(wàn)多美元）與國(guó)輪爭(zhēng)貨，使國(guó)輪班輪艙位利用降為15.3%，將近85%的艙位被浪費(fèi)。

競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制的引入打破體制內(nèi)的平靜，激起體制內(nèi)企業(yè)間的激烈競(jìng)爭(zhēng)，這對(duì)于中國(guó)海運(yùn)經(jīng)濟(jì)的發(fā)展無(wú)疑起到促進(jìn)作用。例如，船舶代理是中國(guó)外輪代理公司的主業(yè)，它在市場(chǎng)占據(jù)主體地位，但是，反觀中國(guó)對(duì)外貿(mào)易跨境運(yùn)輸公司，它在船舶代理上屬于后起之秀，盡管絕對(duì)量比中國(guó)外輪代理公司小得多，其增長(zhǎng)速度卻相當(dāng)快，從1986年到1988年增長(zhǎng)了137%。