隨著中國(guó)跨境海運(yùn)市場(chǎng)準(zhǔn)入開放，跨境海運(yùn)市場(chǎng)體系初步形成，但市場(chǎng)機(jī)制還不夠完善，諸如價(jià)格混亂、惡性競(jìng)爭(zhēng)、供求失衡等現(xiàn)象一直存在。政府采取相應(yīng)的措施進(jìn)行治理，促使跨境海運(yùn)市場(chǎng)規(guī)范化運(yùn)行，初步形成跨境海運(yùn)市場(chǎng)的價(jià)格機(jī)制、競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制和供求機(jī)制。第一，初步形成價(jià)格機(jī)制?？缇澈＿\(yùn)市場(chǎng)放開后，曾引起運(yùn)價(jià)混亂，最主要的原因是該時(shí)期實(shí)行雙軌制價(jià)格.計(jì)劃內(nèi)運(yùn)輸與計(jì)劃外運(yùn)輸?shù)膬r(jià)格同時(shí)存在，前者由國(guó)家嚴(yán)密控制，后者則由于缺乏完善的價(jià)格監(jiān)管體制而失控。

計(jì)劃內(nèi)運(yùn)輸采用計(jì)劃價(jià)，計(jì)劃外運(yùn)輸采用議定價(jià)(或協(xié)定價(jià))。在沿跨境海運(yùn)輸中，一般地計(jì)劃價(jià)要高于議定價(jià)。在此階段，計(jì)劃運(yùn)輸還大量存在，計(jì)劃價(jià)的存在相當(dāng)普遍。沿跨境海運(yùn)輸?shù)挠?jì)劃價(jià)長(zhǎng)期偏低，并且變動(dòng)幅度較小，在跨境海運(yùn)市場(chǎng)流傳“50年代的運(yùn)價(jià)，80年代的成本”之說(shuō)，鋼材上漲30%，機(jī)械配件上漲20%，裝卸費(fèi)提高20%，港口使用費(fèi)提高10%。

但是仍執(zhí)行1957年前的低運(yùn)價(jià)，1984年雖對(duì)1至4級(jí)運(yùn)價(jià)有所提高，但趕不上成本的增長(zhǎng)速度，被戲稱“吸一支海綿頭香煙等于1噸/3海里的運(yùn)價(jià)”。遠(yuǎn)洋運(yùn)輸?shù)挠?jì)劃價(jià)自1979年至1991年期間修改3次運(yùn)價(jià)本?？傮w上看，運(yùn)價(jià)的調(diào)整還是滯后于國(guó)際跨境海運(yùn)市場(chǎng)的供求變化。相對(duì)而言，計(jì)劃外的跨境海運(yùn)需求量逐漸增大，但是相應(yīng)的跨境海運(yùn)供給能力不足，議定價(jià)可以自由地跟隨市場(chǎng)供求的變化而變化，因此，在同航線上議定價(jià)高于計(jì)劃價(jià)。例如，從北方到南方的鋼材、玉米運(yùn)價(jià)為25元/噸左右，而市場(chǎng)議價(jià)為100~130元/噸。在需求量較大的航線，經(jīng)常出現(xiàn)船主哄抬運(yùn)價(jià)的行為，造成市場(chǎng)秩序混亂?？缇澈＿\(yùn)價(jià)格與跨境海運(yùn)價(jià)值背離?？缇澈＿\(yùn)國(guó)企受苦于價(jià)格雙軌制，同質(zhì)不同價(jià)，運(yùn)價(jià)低且固定不變，不能隨行入市，使運(yùn)價(jià)與市場(chǎng)供求變化而變化，經(jīng)營(yíng)成本不斷在增大，導(dǎo)致運(yùn)量越大虧損就越大，有部分航線處在虧損運(yùn)營(yíng)狀態(tài)。價(jià)格機(jī)制不健全成為腐敗滋生的土壤，許多貨主為了享受計(jì)劃內(nèi)的低運(yùn)價(jià)而采取各種辦法行賄跨境海運(yùn)國(guó)企負(fù)責(zé)人，跨境海運(yùn)國(guó)企倒賣運(yùn)力，牟取暴利。

對(duì)于計(jì)劃外的市場(chǎng)需求，交通部對(duì)國(guó)企規(guī)定的運(yùn)價(jià)低于議定價(jià)，給予官員很大的尋租空間。由于有些航線運(yùn)價(jià)長(zhǎng)期不變，跨境海運(yùn)企業(yè)虧損嚴(yán)重，國(guó)家對(duì)虧損航線亦無(wú)任何補(bǔ)貼和優(yōu)惠政策，因此，跨境海運(yùn)企業(yè)從虧損航線退出，此類航線的運(yùn)力出現(xiàn)緊張，但是在價(jià)格機(jī)制不能發(fā)揮作用的情況下，航線的供求關(guān)系得不到自然的調(diào)節(jié)。對(duì)于價(jià)格機(jī)制的完善，交通部一方面建章立制，加強(qiáng)協(xié)定價(jià)的管理；另一方面，逐步允許跨境海運(yùn)國(guó)企進(jìn)入計(jì)劃外運(yùn)輸市場(chǎng)，提高計(jì)劃外運(yùn)輸市場(chǎng)的供給能力，調(diào)節(jié)供求關(guān)系，同時(shí)逐步減少指令性的計(jì)劃運(yùn)輸量。

此外，賦予跨境海運(yùn)國(guó)企定價(jià)權(quán)。到了1988年，中國(guó)開始實(shí)行經(jīng)理負(fù)責(zé)制和經(jīng)濟(jì)承包制，除了煤、油、成品油、糧、礦等九種大宗貨外，運(yùn)費(fèi)地區(qū)除蘇聯(lián)、日本、香港外，跨境海運(yùn)企業(yè)在運(yùn)輸價(jià)格有了一定的自主權(quán)。